La cuisine moléculaire ne possède pas que des effets positifs. Elle est certes connue pour ses propriétés concernant la santé, la diététique ou encore l’environnement. 

En effet, la plupart des ingrédients utilisés en cuisine moléculaire peuvent être nocif lorsqu’ils sont consommés sur le long terme ou en grande quantité. Par exemple, le lactate de sodium ou l’alginate de sodium peuvent si ils sont consommés à haute dose,  provoquer respectivement des effets laxatifs ainsi qu’un ralentissement du système digestif. L’agar-agar qui est le plus connue des gélifiant utilisé en cuisine moléculaire peut également avoir des effets néfastes sur la santé, il donne lieu à des ballonnements ou des flatulences. 

La réputation de la cuisine moléculaire à vite chuté lorsque certains consommateurs de restaurant proposant cette cuisine atypiques ont été victimes d’intoxication alimentaire. L’un des cas les plus réputé est celui du Fat Duck, un restaurant qui été catégorisé comme étant l’un des plus prestigieux du monde. En février 2009 le restaurant fut forcé d’être mis en quarantaine durant 15 de jours suite à la plainte de pas moins d’une quarantaine de clients. Les clients se plaignaient de souffrir de vomissements et de diarrhée après avoir consommé la cuisine que le restaurant leur a proposé. La cause de ces maladies constatées après avoir ingéré des plats résultant de la cuisine moléculaire n’a pas été trouvé. L’on a donc supposé que les quantités des additifs utilisé n’ont pas été respecté. 

L’utilisation d’azote liquide n’est pas rare dans la cuisine moléculaire, cependant l’azote liquide est un gaz très dangereux en ce qui concerne son utilisation. Il s’agit d’un gaz cryogénique qui si il entre au contact de la peau provoquer de grave brûlures, il peut également si il entre en contact avec un œil provoquer une perte de la vue. En cuisine moléculaire, l’azote liquide est utilisé comme un agent de refroidissement , il n’y a donc pas de consommation direct et n’a aucune conséquences sur la santé du consommateur.