Livre Travaux dirigés biochimie biologie moléculaire bioinformatique

Biosciences et Techniques

Collection dirigée par Jean Figarella et André Calas

annuaire web

OUTILS
		Sequence manipulation Suite (SMS)
		Modéliseurs 3D

alignements de sequences

	Dottup (Bioweb)
	Réalisation d'un dotplot simple.

	JDotter
	Réalisation d'un dotplot (nécessite le module Java).

	Dotlet
	Réalisation d'un dotplot (nécessite le module Java).

	EMBOSS-Needle
	Alignement global avec needle.

	Stretcher
	Alignement global.

	Blast du NCBI
	Alignement local avec blast (banques interrogées : Genbank, EMBL, DDBJ, PDB).

	FASTA EBI
	Alignement local avec FASTA. Plus sélectif que Blast, mais moins rapide.

	LALIGN
	Alignement local entre deux séquences. Compare deux séquences nucléotidiques ou protéiques et détermine les segments ayant les meilleurs scores.

	MultAlin
	Réalise un alignement multiple et présente les résultats sous forme de séquences colorées avec détermination d'une séquence consensus.

	Phylip
	Construction des arbres phylogénétiques.

	ClustalW
	Alignement multiple et construction des arbres phylogénétiques.

	TCoffee (IGS) ou Tcoffee (EMBNET)
	Réalise un alignement multiple et détermine une séquence consensus. Il présente également les séquences alignées sous différents formats (ClustalW, Phylip...).