Corrigé

1. Une interrogation de la banque ENZYME du portail EXPASY à l'aide du code de classification
EC 1.1.1.49 permet de retrouver la liste des enzymes provenant de différents organismes.

Page de résultat :

Dans la liste on peut repérer le code de la G6PD humaine (P11413, G6PD_HUMAN)

En ligne : http://www.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?P11413

Fichier enregistré : exo3_G6PD_Human.htm

2. Le fichier de la structure primaire de la protéine (514 acides aminés) peut être récupéré au format FASTA grâce au lien situé en bas à droite de la fiche de l’enzyme. Ce format de fichier comporte un commentaire précédé du symbole > suivi de la séquence en acides aminés codés en lettres avec 80 caractères maximum par ligne.

Séquence protéique de la G6PD humaine : exo3_P11413.txt (format FASTA)

3. La rubrique 3D structures databases fournit plusieurs liens qui renvoient vers le fichier PDB (code 1QKI). Trois banques proposent des structures 3D (EXPASY, PDB, EBI). Fichier PDB de la structure tridimensionnelle de la G6PD humaine.

Il s’agit de la structure d’une variante de l’enzyme mutée (Arg459-Leu) déterminée par cristallographie. Elle se présente sous forme de dimère de dimères. On peut également faire une comparaison dynamique entre monomères.

En ligne : http://www.rcsb.org/pdb/cgi/explore.cgi?pdbId=1QKI

Fichier enregistré au format PDB : 1QKI.pdb (nécessite chime )

3. Eléments de synthèse

- Déficit en G6PD (favisme) : maladie héréditaire liée au sexe provoquant des anémies hémolytiques. Maladie aggravée par un stress oxydatif (ingestion de fèves) ;
- fiche OMIM (NCBI): 305900 ;
- locus du gène : Xq28. Identifiant dans la banque GENE du NCBI : 2539 ;
- numéro d’accession de la protéine : P11413 ;
- enzyme (EC 1.1.1.49) impliquée dans la voie des pentoses phosphate et dans le métabolisme du glutathion ;
- existe sous forme de dimère ou de tétramère. Fichier structure 3D dans RCSB : 1QKI.